Разработан новый инструмент для визуализации и анализа данных генома человека

Просмотров: 534

Опубликовано 07.08.2014, 10:52 (мск) Александр Наумов в Генетика, Новости

Очень плохая статьяПлохая статьяТак себе статьяХорошая статьяОтличная статья (Читатели ещё не оценили запись, станьте первым!)
Загрузка...

Часто интеграция данных нескольких генетических исследований бывает затруднена. Растущее число данных очень усложняет тщательное сравнение и анализ результатов. Ученые разработали новый революционный метод секвенирования функциональной геномики последнего поколения под названием — Epiviz, который позволит решить многие из этих проблем.

Для визуализации целых геномов в основном ученые используют так называемые «браузеры генома», которые отображают информацию базы данных гена. В данном исследовании ученые смогли создать новый инструмент, который имеет ряд преимуществ перед геномными браузерами: Epiviz легко интегрируется с программным обеспечением для анализа Bioconductor, с открытым исходным кодом, который широко используется учеными генетиками с помощью пакета Epivizr Bioconductor.

«Epiviz не только визуализирует результаты секвенирования генома человека, но и позволяет сравнить полученные результаты с уже имеющимися», — говорит доцент Héctor Corrada Bravo.

Epiviz основан на инфраструктуре Bioconductor, инструмент поддерживает многие популярные методы секвенирования последнего поколения, такие как ChIP-seq, который используется для анализа белковых взаимодействий с ДНК; RNA-seq, который показывает комплексный снимок количества РНК в клетках; анализы метилирования ДНК.

Epiviz реализует несколько методов визуализации на основе определения геномных областей и экспрессии генов, используя методы визуализации интерактивных данных, которые недоступны в веб-геномных браузерах.

По словам исследователей, данная программа поможет выявить онкологические заболевания на ранних стадиях, а также будет способствовать нахождению различных закономерностей, связанных с заболеваниями и здоровьем человека. Использую Epiviz и Bioconductor, исследовательская группа обнаружила в образцах рака толстой кишки последовательные изменения метилирования ДНК.

«Epiviz поможет биомедикам решить задачу визуализации больших наборов геномных данных, поддерживая творческий анализ данных и их совместную работу», — считает Corrada Bravo.

ПОДРОБНЕЕ В НАУЧНОЙ СТАТЬЕ:

Florin Chelaru, Llewellyn Smith, Naomi Goldstein, Héctor Corrada Bravo. Epiviz: interactive visual analytics for functional genomics data // Nature Methods — 2014


Александр Наумов (603 Статей)
Должность - Автор новостного блока. Врач-кардиолог. г. Санкт-Петербург.