Исследователи рака должны использовать передовые компьютерные технологии для определения генотипов, характерных только для определённых раковых клеток. Каждая форма опухоли имеет свои собственные отличительные варианты генетических изменений.
«Определение генетических дефектов, встречающихся только при той или иной форме опухолей, может помочь адаптировать лечение для каждого пациента», – говорит Рольф Скозейм (Rolf Skotheim), сотрудник Центра по лечению рака и биомедицины университета Осло в Норвегии.
Его исследовательская группа работает над выявлением генов, которые вызывают рак кишечника и рак простаты, являющиеся достаточно распространёнными заболеваниями. В Норвегии ежегодно регистрируется 4000 новых случаев рака кишечника, и за первые пять лет заболевания выживают только шесть из десяти пациентов. Рак предстательной железы ежегодно выявляется у 5000 норвежцев.
Для того чтобы определить генетические поломки, которые приводят к раку, Скозейм и его исследовательская группа сравнивали генетический материал в опухолевых и здоровых клетках.
У пациентов с раком простаты исследователи обнаружили некоторые слитные гены (fusion gene), которые находились только в пораженных клетках. Учёные надеются, что эти слитые гены могут быть использованы для диагностики и лечения рака.
Исследователи обнаружили слитые гены и в клетках кишечника, но они не были специфическими для опухоли и встречались также в здоровых клетках.
Воссоздание РНК кропотливая работа. Набор молекул РНК состоит примерно из 100 миллионов оснований, разделенных на несколько тысяч аминокислот каждого гена. Процедура анализа РНК одного пациента может занять несколько дней.
Такие анализы настолько требовательны, что исследователи использовали суперкомпьютер университета, который был оценен как один из самых быстрых компьютеров за последние годы. Он работает в 10000 раз быстрее, чем обычные персональные компьютеры.
«Большинство исследователей рака не привыкли работать с огромными объемами данных и не представляют, как лучше анализировать чрезмерно большие потоки данных. Научные разработки такого плана требуют интегрированной работы учёных, создания баз данных для сравнения независимых результатов разных групп учёных».
ПОДРОБНЕЕ В СТАТЬЕ:
Yngve Vogt Supercomputing reveals the genetic code of cancer // Apollon
Врач кардиолог, терапевт, врач функциональной диагностики АО «СЗЦДМ» (г. Санкт-Петербург), редактор и автор статей
