Часто интеграция данных нескольких генетических исследований бывает затруднена. Растущее число данных очень усложняет тщательное сравнение и анализ результатов. Ученые разработали новый революционный метод секвенирования функциональной геномики последнего поколения под названием – Epiviz, который позволит решить многие из этих проблем.
Для визуализации целых геномов в основном ученые используют так называемые «браузеры генома», которые отображают информацию базы данных гена. В данном исследовании ученые смогли создать новый инструмент, который имеет ряд преимуществ перед геномными браузерами: Epiviz легко интегрируется с программным обеспечением для анализа Bioconductor, с открытым исходным кодом, который широко используется учеными генетиками с помощью пакета Epivizr Bioconductor.
«Epiviz не только визуализирует результаты секвенирования генома человека, но и позволяет сравнить полученные результаты с уже имеющимися», – говорит доцент Héctor Corrada Bravo.
Epiviz основан на инфраструктуре Bioconductor, инструмент поддерживает многие популярные методы секвенирования последнего поколения, такие как ChIP-seq, который используется для анализа белковых взаимодействий с ДНК; RNA-seq, который показывает комплексный снимок количества РНК в клетках; анализы метилирования ДНК.
Epiviz реализует несколько методов визуализации на основе определения геномных областей и экспрессии генов, используя методы визуализации интерактивных данных, которые недоступны в веб-геномных браузерах.
По словам исследователей, данная программа поможет выявить онкологические заболевания на ранних стадиях, а также будет способствовать нахождению различных закономерностей, связанных с заболеваниями и здоровьем человека. Использую Epiviz и Bioconductor, исследовательская группа обнаружила в образцах рака толстой кишки последовательные изменения метилирования ДНК.
«Epiviz поможет биомедикам решить задачу визуализации больших наборов геномных данных, поддерживая творческий анализ данных и их совместную работу», – считает Corrada Bravo.
ПОДРОБНЕЕ В НАУЧНОЙ СТАТЬЕ:
Florin Chelaru, Llewellyn Smith, Naomi Goldstein, Héctor Corrada Bravo. Epiviz: interactive visual analytics for functional genomics data // Nature Methods – 2014
Врач кардиолог, терапевт, врач функциональной диагностики АО «СЗЦДМ» (г. Санкт-Петербург), редактор и автор статей
