Исследователи проанализировали 99 геномов вируса Эбола, которые вызвали беспрецедентную вспышку лихорадки Эбола в Западной Африке. Их выводы могут иметь важные последствия для экспресс-тестов.
В текущем исследовании ученые секвенировали 99 геномов вируса Эбола, полученные у 78 пациентов с диагнозом лихорадка Эбола в Сьерра-Леоне, в течение первых 24 дней с момента начала заболевания. Ученые обнаружили более 300 генетических изменений, которые отличают геном вируса Эбола от вирусных геномов предыдущих вспышек лихорадки Эбола. Они также обнаружили, что вариации последовательности указывают на то, что вспышка лихорадки Эбола началась с одного введения, а впоследствии распространилась от человека к человеку в течение многих месяцев. Некоторая генетическая изменчивость, обнаруженная в этих исследованиях, может повлиять на праймеров (отправные точки синтеза ДНК), используемых в диагностических тестах на основе ПЦР, подчеркивая важность геномного наблюдения.
Вспышка лихорадки Эбола в 2014 году является беспримерной как по своим размерам, так и в появлении ее сразу в нескольких населенных пунктах. Предыдущие вспышки были локализованы в малонаселенных районах Средней Африки, самая крупная вспышка была в 1976 году, где было зарегистрировано 318 случаев. Вспышка 2014 года возникла в густонаселенной Западной Африке, о чем впервые сообщалось в марте 2014 года в Гвинее. Уже зарегистрировано 2240 случаев с 1229 смертельными исходами (по состоянию на 19 августа).
«Мы установили наблюдение за вирусом Эбола задолго до распространения этого заболевания в Сьерра-Леоне, и был проведен ретроспективный показ заболевания на образцах еще в январе этого года», — заявила Augustine Goba. «Это стало возможным благодаря нашим давним работам по диагностике и изучению другой смертельной болезни, лихорадки Ласса. Мы смогли, таким образом, определить случаи и проследить распространение вируса Эбола, как только он появился в нашей стране».
Штаммы Эбола, ответственные за нынешнюю вспышку, вероятно, имеют общего предка, начиная с первой вспышки 1976 года. Исследователи проследили пути передачи и эволюционные отношения образцов, показывая, что линия, отвечающая за нынешнюю вспышку, расходилась с Ближней Африканской версией вируса в течение последних десяти лет и распространилась из Гвинеи в Сьерра-Леоне, когда умерло 12 человек.
«Мы обнаружили более 300 генетических подсказок того, что отличает эту вспышку от предыдущих вспышек», — сказал Stephen Gire, научный сотрудник в лаборатории Sabeti в Институте Брода и Гарварде. «Хотя мы не знаем, связаны ли эти различия с тяжестью нынешней вспышки, но мы надеемся ускорить понимание этой эпидемии и провести глобальные усилия по ее сдерживанию».
ПОДРОБНЕЕ В НАУЧНОЙ СТАТЬЕ:
Gire, Stephen K.; Goba, Augustine; Andersen, Kristian G.; Sealfon, Rachel S. G.; Park, Daniel J. et al. (2014) Genomic surveillance elucidates Ebola virus origin and transmission during the 2014 outbreak // Science — p. science.1259657
