Исследователи из онкологического центра Вандербильт-Ингрэм (Vanderbilt-Ingram Cancer Center) обнаружили новые гены, которые повышают риск развития рака толстой и прямой кишки у людей.
Ученые провели крупное исследование транскриптомных ассоциаций (TWAS), а также использовали альтернативный подход, называемый сплайсинг-TWAS, чтобы улучшить открытие генов. Исследователи обнаружили онкогенную роль двух ранее неизвестных генов, TRPSI и METRNL, и подтвердили предрасположенность к раку с помощью другого недавно обнаруженного гена, C14orfl66. Результаты исследования были опубликованы в научном журнале JNCI: Journal of the National Cancer Institute.
«Чтобы идентифицировать новые гены предрасположенности к колоректальному раку, необходимы постоянные усилия. В нашем исследовании мы использовали новые большие данные секвенирования РНК и применили подход TWAS вместе с сплайсингом-TWAS для улучшения открытия новых генов. Объединив эти популяционные анализы с помощью функциональных исследований мы сможем получить более глубокое понимание биологических механизмов, ответственных за развитие колоректального рака, что может помочь в использовании генетических результатов для профилактики и лечения этого распространенного злокачественного новообразования», — сказал старший автор исследования Синъи Го (Xingyi Guo), научный сотрудник кафедры медицины и биомедицинской информатики.
Хотя с помощью полногеномных ассоциативных исследований (GWAS) было обнаружено, что более 200 распространенных генетических вариантов связаны с колоректальным раком, гены-мишени и лежащие в основе биологические механизмы для подавляющего большинства этих локусов риска остаются неясными. Варианты риска, выявленные с помощью GWAS, объясняют лишь около половины случаев наследственности колоректального рака. Исследования TWAS могут дополнительно выявить восприимчивость к раку. Альтернативный подход, использованный исследователями, — сплайсинг-TWAS, остается практически неизученным при лечении колоректального рака.
Ученые выполнили секвенирование РНК в нормальных тканях толстой кишки и включили данные генотипирования 423 потомков европейцев для создания моделей генетического прогнозирования экспрессии генов и альтернативного сращивания.
В общей сложности исследователи идентифицировали 57 генов, связанных с риском колоректального рака, объединив результаты исследований TWAS и исследований сплайсинг-TWAS. Шестнадцать из них не были зарегистрированы в исследованиях GWAS.
Это исследование считается первой крупной научной работой, в которой используется подход TWAS для систематического изучения связи генетически предсказанного альтернативного сращивания с риском колоректального рака. Будущие анализы TWAS с использованием этих передовых подходов, вероятно, выявят дополнительные гены, важные для риска развития рака, говорят исследователи. Они отметили, что ограничением исследования является то, что оно было ограничено людьми европейского происхождения и что необходимы дальнейшие исследования для оценки значимости этих генов в неевропейских популяциях.
Авторы другого исследования утверждают, что ожирение это важный фактор риска колоректального рака, который до сих пор недооценивается.
Руководитель Отдела организации клинических исследований, врач-онколог, уролог в АО «СЗЦДМ» (г. Санкт-Петербург), редактор и автор статей
