Ученые используют секвенирование генома при лечении туберкулеза

Международная исследовательская группа из консорциума CRyPTIC сделала важный шаг вперед в борьбе с туберкулезом: широкомасштабный анализ генома более 10 000 штаммов патогенов показал, что секвенирование генома может улучшить лечение туберкулеза. Кроме того, метод может полностью заменить трудоемкий процесс фенотипического тестирования. Результаты этого исследования, проведенного под руководством Оксфордского университета (University of Oxford), были опубликованы в выпуске научного журнала New England Journal of Medicine.

Подбор правильной комбинации препаратов в лечении туберкулеза

Туберкулез (ТБ) является самым смертоносным инфекционным заболеванием во всем мире. Согласно текущему докладу Всемирной организации здравоохранения (ВОЗ), около 10 миллионов человек заразились туберкулезом, а 1,6 миллиона человек умерли от последствий инфекции в прошлом году.

Основной проблемой при лечении туберкулеза является увеличение числа штаммов с множественной лекарственной устойчивостью (МЛУ-ТБ), которые больше не чувствительны к обычно используемым стандартным лекарственным средствам. Своевременная диагностика этой устойчивости имеет решающее значение для успеха лечения. Классическое испытание на устойчивость включает культивирование бактерий в культуральных средах, содержащих антибиотики, которые в настоящее время занимают несколько недель. Кроме того, эти тесты не используются во многих странах с высоким уровнем ТБ. Следовательно, многие пациенты принимают неправильные комбинации лекарств и впоследствии имеют более низкие шансы вылечиться и выжить. Срочно необходимы более быстрые и практичные методы тестирования устойчивости.

Материалы и методы обследования

В исследовании CRyPTIC были изучены  более 10 000 бактериальных геномов из 16 стран, были проанализированы данные более 600 штаммов туберкулеза, полученных в Германии, Африке и Центральной Азии.

Результаты научной работы

Исследование показывает, что изменения в геноме патогенов можно использовать для очень точного прогнозирования устойчивости к стандартным лекарственным средствам, также известным как препараты первой линии. Секвенирование генома может точно и индивидуально определять требуемые комбинации лекарств и экономить ресурсы, используемые при стандартном тестировании устойчивости. Исследователи из FZB также работают над созданием анализа генома в справочных лабораториях в Центральной Азии и Африке.

«Данные исследования позволяют разработать новые концепции диагностики туберкулеза. Кроме того, стандартное тестирование резистентности к обычно используемым препаратам вскоре может быть заменено методами, основанными на геноме», – говорит Стефан Ниманн (Stefan Niemann), автор исследования.

В Англии, Нидерландах и в Центре общественного здравоохранения штата Уодсворт в Нью-Йорке результаты уже привели к уменьшению использования бактериальных культур для тестирования резистентности и начала лечения, которое основано исключительно на результатах секвенирования генома. В Германии в Институте Роберта Коха (Robert Koch Institute ) и FZB также проводится планирование экспериментального исследования для оценки общенациональной пригодности секвенирования генома для диагностики и эпиднадзора.

«Тем не менее, успешная борьба с туберкулезом с множественной лекарственной устойчивостью требует нескольких столпов, которые в настоящее время разрабатываются в Научном кампусе Лейбница”, – говорит Стефан Ниманн.

Авторы другого исследования утверждают, что алкоголь повышает риск смертности при туберкулезе.